弊社が所有する
細胞培養上清の解析データを、
研究の基礎資料として公開しています。
報告書の概要と、
解析データの閲覧方法をご案内します。
報告書の概要
研究報告書
幹細胞培養上清由来
エクソソームの
miRNA 組成および
標的パスウェイ予測の比較
脂肪・歯髄・羊膜・臍帯血・
骨髄・胎盤由来
6 検体のデータ報告
| 版 | ver1.06（公開前レビュー版） |
|---|---|
| 作成日 | 2026 年 10 月 7 日 |
| 報告書署名 | 株式会社エス・シー・シー・ラボ／ BiOStyle Clinic Osaka |
| データ所有者 | 株式会社エス・シー・シー・ラボ |
| 解析受託 | 株式会社オーダーメードメディカルリサーチ |
| 構成 | 4 部 19 章と付録 A〜H。 全 92 ページと、 解析データ（Excel）・図 |
脂肪・歯髄・羊膜・臍帯血・骨髄・胎盤の
6 種の幹細胞培養上清から回収した
細胞外小胞（EV）の miRNA を、
次世代シーケンスで定量しました。
標的遺伝子予測、GO 解析、
パスウェイ解析により、
由来細胞ごとの miRNA 組成と
調節の特徴を評価した報告書です。
新規の実験ではなく、
既存データの整理と再解析で、
生リードからパスウェイの統計表まで
全工程の出力を保存し、
再解析ができる形にしています。
報告書の目次
報告書は 4 部 19 章と
付録 A〜H で構成されています。
第Ⅰ部 共通基盤
- 第1章序論（背景・目的・本報告の位置づけ・規制と学会の見解）
- 第2章試料と実験デザイン
- 第3章解析方法
- 第4章データ資源と出所
第Ⅱ部 目的別の解析
- 第5章目的A：品質・同一性の評価
- 第6章目的B：由来細胞間の組成比較
- 第7章目的C-1：標的遺伝子と GO 解析
- 第8章目的C-2：パスウェイ解析
- 第9章目的D：がん関連の評価
- 第10章目的E：二次利用と再解析のための整理
第Ⅲ部 整理パターン別の比較ビュー
- 第11章比較ビュー 1：検体別プロファイル
- 第12章比較ビュー 2：パスウェイカテゴリ別
- 第13章比較ビュー 3：miRNA ファミリー別
- 第14章比較ビュー 4：研究テーマ別
- 第15章比較ビュー 5：検体ペアの差分
第Ⅳ部 評価
- 第16章由来細胞間の違いの総合
- 第17章SCCL による寸評
- 第18章限界
- 第19章結論と今後
付録・巻末
- 付録 A用語解説
- 付録 B有意パスウェイ 200 件の一覧
- 付録 C検体特異的パスウェイ（96 件）
- 付録 DQC 数値の全体
- 付録 E標的候補を支える miRNA（上位 40）
- 付録 FGO term の一覧（72 件）
- 付録 G200 パスウェイの z スコア（6 検体）
- 付録 Hデータの出所、構成、再現手順
- 巻末参考文献／利益相反・免責／参照・引用時の出典表記について
解析の流れ
試料と解析方法
6 種の由来細胞の培養上清を各 16 mL 用い、
エクソソーム画分から
small RNA を抽出しました。
ライブラリは QIAseq miRNA UDI で調製し、
NextSeq（シングルエンド 75 bp）で
シーケンスしました。
| 検体 | D001-AD 脂肪、D002-DP 歯髄、D003-AM 羊膜、D004-CB 臍帯血、D005-BM 骨髄、D006-PL 胎盤（各 16 mL、反復なし n=1） |
|---|---|
| small RNA 量 | 138〜346 ng（A260/A280 1.5〜1.8）。培養上清 1 mL あたり 8.6〜21.6 ng |
| ライブラリ | QIAseq miRNA UDI。平均ライブラリ長 199〜203 bp、ライブラリ濃度 43.9〜79.5 nM |
| シーケンス | NextSeq、シングルエンド 75 bp。入力リード 1,060 万〜1,491 万 |
| マッピング・定量 | CLC Genomics Workbench v25.0.1（ヒトゲノム hg38、miRBase 22）。CPM で正規化し、5 カウント以上の miRNA を後続解析に使用 |
| 標的遺伝子予測 | StrandNGS 4.0、TargetScan（p≦0.05） |
| GO 解析 | 超幾何分布、Benjamini–Hochberg 補正 |
| パスウェイ解析 | PathVisioRPC 1.2、WikiPathways（2015.05.12 版）。標的遺伝子に一律の変動値 FC=2.5 を付与 |
| 本報告での再計算 | Spearman 相関、Jaccard 係数、キーワード分類、がん関連の検討 |
数値の出所は、
A（原本ファイルから読み取り）、
B（委託先報告書から転記）、
C（本報告で再計算）の
3 区分で示しています。
主な結果
-
01
安定した miRNA 組成
6 由来すべてで解析に十分なリード（1,060 万〜1,491 万）が得られ、5 カウント以上の miRNA を 225〜351 種検出しました。上位 18 miRNA が全体の 74.9〜86.3 % を占め、少数の miRNA を中心とする安定した組成でした。腫瘍抑制性として知られる let-7 ファミリーは全由来で主要な構成要素の一つで、骨髄 63.8 %、歯髄 62.5 % と特に高い割合でした。
-
02
由来ごとの特徴
羊膜と臍帯血（Spearman 相関 0.96）、歯髄と骨髄（0.95）は、それぞれ近縁な組成を示しました。胎盤は C19MC 系を含む 51 種の固有 miRNA をもち、6 由来の中で最も個性的なプロファイルでした。脂肪は両グループの中間に位置します。
-
03
パスウェイの構成
有意なパスウェイは由来あたり 61〜85 件で、骨髄（85 件）と胎盤（76 件）が多い結果でした。6 由来に共通する 8 経路には腫瘍抑制性 miRNA の調節経路が含まれます。経路の構成は、骨髄と歯髄で免疫関連、羊膜と臍帯血で代謝と DNA 修復・細胞周期関連、胎盤で固有の経路（24 件）が多く、由来ごとに特徴が現れました。
-
04
がん関連の評価
本計測の範囲では、がん化の促進を示す所見は認められませんでした。がん遺伝子の発現上昇を示すデータは得られておらず、MYCN などのがん遺伝子は miRNA の標的候補として抑制方向の調節を受け得ると予測されました。
（報告書 第 6 章）
パスウェイ集合の Jaccard 係数
（報告書 第 8 章）
注目される経路（機能的示唆）
有意パスウェイを
機能の領域ごとに整理すると、
EV の miRNA が調節に関与し得る
生体機能として、
次の領域が浮かび上がりました
（報告書 第 8 章）。
いずれも miRNA の標的候補が
その経路に集積していることに
基づく予測です。
| ゲノムの維持・DNA 修復 | NIPBL による DNA 損傷応答と染色体構造の維持の経路は、6 由来すべてで有意（z=3.4〜5.6）。DNA 損傷応答と、miRNA による DNA 損傷応答の調節も 5 由来で有意。 |
|---|---|
| 細胞保護・恒常性 | 小胞体ストレス応答（脂肪）、分子シャペロン HSP70 によるアポトーシスの調節（骨髄・脂肪）、オートファジー（5 由来）が有意。 |
| 組織修復・血管 | ROBO4 による血管安定化と VEGF による血管新生の調整（羊膜・臍帯血）、力学刺激による YAP/TAZ の制御（骨髄・歯髄・胎盤）、腎の発生・再生に関わる Wnt シグナル（胎盤・臍帯血・羊膜）が有意。 |
| 免疫調節 | IL-26 による炎症応答の調節（骨髄・歯髄）と、VIP による免疫寛容の制御（歯髄・骨髄）が有意。骨髄と歯髄の EV が、免疫の調節に関わる経路に特徴をもつ。 |
| 代謝・抗酸化 | コレステロール生合成は 6 由来すべてで有意。老化応答に伴う NAD 代謝（臍帯血・脂肪・胎盤）と、抗酸化を支えるペントースリン酸経路（胎盤・臍帯血）も有意。 |
| 新たに見いだされた経路 | 運動で生じる代謝物 Lac-Phe による食欲と代謝の制御（6 由来すべてで有意）、運動による概日時計の調節（歯髄）、外胚葉（皮膚・神経）の分化（臍帯血・羊膜）、PRC2 によるエピジェネティック制御（胎盤・歯髄）など、一般に注目される領域の外にある経路も有意。 |
由来細胞ごとの特徴
| 脂肪（AD） | 腫瘍抑制 miRNA の調節経路が由来内で最も高い z スコア（5.9）。ほかの由来との中間的な組成で、比較の基準として扱いやすい。 |
|---|---|
| 歯髄（DP） | let-7 ファミリーの割合が 62.5 % と高く、免疫関連の経路が最も多い（19 件）。骨髄と近縁な組成。 |
| 羊膜（AM） | 検出した miRNA の種数が最も多く（351 種）、DNA 損傷・細胞周期関連の経路が多い。臍帯血と最も近い組成。 |
| 臍帯血（CB） | 上位 18 種への集中度が最も高い（86.3 %）。DNA 修復・細胞周期と発生・分化関連の経路が多い。 |
| 骨髄（BM） | 有意パスウェイ（85 件）と let-7 ファミリーの割合（63.8 %）がともに最も高く、免疫関連の経路も多い。調節を受ける経路の幅が最も広い。 |
| 胎盤（PL） | 固有の miRNA（51 種）と固有のパスウェイ（24 件）が最も多く、胎盤に特徴的な C19MC 系 miRNA を含む。ほかの由来と最も異なるプロファイル。 |
データの限界
本データは、
各由来 1 検体（n=1）の解析です。
結果の解釈には、
次の限界があります
（報告書 第 18 章）。
- 反復がないため、検体間差の統計的検定はできません。ドナー・ロット間の変動も不明です。
- 培地のみの対照がなく、培地・血清由来の RNA の寄与を分離できません。
- EV の粒子数・粒径・表面マーカーの特性評価データは含まれません。
- 標的遺伝子は TargetScan による予測で、抑制の有無は実験で確認していません。
- パスウェイの定義は WikiPathways 2015 年版です。最新版では経路の追加・改訂があります。
本データから導けるのは
「この 6 検体でどうであったか」
という記述で、
「由来細胞一般の性質」ではありません。
今後の課題
- 同一由来の複数ロット・複数ドナーでの再現性の確認
- 粒子数・粒径・マーカーによる EV の特性評価と、培地対照の追加
- 上位 miRNA の定量 PCR による確認と、受容細胞での標的遺伝子の発現解析
- 最新の経路データベースでの再解析
用語解説
| miRNA | 約 22 塩基の小さな RNA。標的 mRNA に結合して、遺伝子の発現を調節し得る。 |
|---|---|
| エクソソーム（EV） | 細胞が分泌する細胞外小胞の一群。内部に RNA・タンパク質を含む。本報告では、委託先の手順で回収した EV 画分の small RNA を指す。 |
| CPM | Counts Per Million。100 万リードあたりのカウント。シーケンスの深さの違いを補正する。 |
| let-7 | miRNA ファミリー。増殖・分化の調節や腫瘍抑制との関連が報告されている。 |
| C19MC | 19 番染色体上の miRNA クラスター（miR-515〜526 など）。胎盤で高発現することが知られる。 |
| TargetScan | miRNA の標的遺伝子を配列から予測するプログラム。予測であり、実験で確認された標的ではない。 |
| GO（Gene Ontology） | 遺伝子の機能分類。生物学的プロセス、分子機能、細胞の構成要素の 3 つ。 |
| WikiPathways／PathVisio | コミュニティで編集されるパスウェイのデータベースと、その上でデータを可視化・統計解析するソフトウェア。 |
| z スコア | パスウェイに含まれる基準適合遺伝子の偏りの指標。「有意」は、置換検定で p≦0.05 かつ z>0 を満たすこと。 |
| Spearman 相関／Jaccard 係数 | 順位に基づく相関係数と、2 つの集合の共通部分÷和集合（0〜1）。検体間の類似度に使う。 |
| n=1 | 各条件 1 検体。反復なし。 |
公開している解析データ
報告書のもとになった解析データを、
編集できる形（Excel・CSV）と
生データのまま公開しています。
生リードからの再定量、
経路解析の再計算、
他のデータとの統合など、
二次利用・再解析にお使いいただけます。
| 生リード | FASTQ 6 ファイル（各検体シングルエンド 75 bp） |
|---|---|
| 品質管理 | FastQC・MultiQC のレポート（トリミング前後）、リード数の集計（Excel） |
| RNA・ライブラリ | 各検体の RNA とライブラリの電気泳動像 |
| PCA 解析 | PCA プロット、ヒートマップ、ユークリッド距離（CSV） |
| GO 解析 | 検体ごとの GO 解析結果（Excel・PDF） |
| パスウェイ解析 | 有意パスウェイの概要と検体特異的パスウェイ（Excel・PDF） |
| 解析レポート | 委託先の解析レポート、miRNA-Seq 解析結果と FastQC の説明（PDF） |
※ 開くには ID とパスワードが必要です。
下の申請フォームから取得できます。
閲覧の方法
- 無償費用はかかりません
- 即時公開申請後すぐに閲覧できます
- 引用可能出典を示せば引用できます
解析データのページには、
ボット（自動収集プログラム）による
取得を防ぐため、
ID とパスワードをかけています
（ベーシック認証）。
下の申請フォームに
連絡先・組織名・利用目的を入力し、
遵守事項に同意して送信すると、
ID とパスワードを
自動返信ですぐにお知らせします。
- 1申請フォームに入力連絡先・組織名・利用目的を入力し、利用規約・遵守事項に同意して送信します
- 2自動返信を受け取る入力したメールアドレスに、ID とパスワードが自動返信で届きます
- 3解析データを閲覧解析データのページで ID とパスワードを入力すると、閲覧・ダウンロードできます
利用規約・遵守事項
解析データと報告書を利用する方は、
次の事項に同意したものとします。
申請フォームの「遵守事項」で、
同意の確認をしています。
第 1 条（対象）
この規約は、株式会社エス・シー・シー・ラボ（以下「当社」）が公開する解析データ（解析データのページに置くファイル一式。以下「本データ」）と、研究報告書「幹細胞培養上清由来エクソソームの miRNA 組成および標的パスウェイ予測の比較」（以下「本報告書」）の利用条件を定めるものです。閲覧を申請し、本データや本報告書を利用する方（以下「利用者」）に適用します。
第 2 条（利用できる範囲）
利用者は、本データと本報告書を、無償で、次の目的のために閲覧・ダウンロード・解析（再解析を含む）することができます。
- 学術研究、および論文・学会発表などの公表
- 製品や技術の研究開発、品質管理の参照値としての利用
- 教育、報道、執筆
- その他、上に準じる目的
第 3 条（禁止事項）
利用者は、次のことをしてはなりません。
- 本報告書、その図表、または本データの全部や主要な部分を、そのまま転載・再配布・公開すること（自らの論文や資料に必要な範囲で引用することは、第 4 条に従えばできます）
- 閲覧用の ID とパスワードを、第三者に教える、または公開すること
- 本データや本報告書をもとに、特定の製品・治療の効能・効果・安全性を主張すること、および診断・治療・予防の目的で用いること
- 出典を示さずに、本データや本報告書の内容を自らの成果として公表すること
- 法令または公序良俗に反する目的で利用すること
第 4 条（引用と出典の表記）
本報告書や本データを論文・資料・Web サイトなどで引用・参照・転載するときは、次の事項を出典として表記してください。
- 題名：幹細胞培養上清由来エクソソームの miRNA 組成および標的パスウェイ予測の比較：脂肪・歯髄・羊膜・臍帯血・骨髄・胎盤由来 6 検体のデータ報告
- 報告書署名：株式会社エス・シー・シー・ラボ，BiOStyle Clinic Osaka
- 版と年：ver1.06，2026 年
- 入手元：このページ、または解析データのページの URL
- 改変の有無：図表や数値を加工した場合は、その旨
表記の例：株式会社エス・シー・シー・ラボ，BiOStyle Clinic Osaka．幹細胞培養上清由来エクソソームの miRNA 組成および標的パスウェイ予測の比較：脂肪・歯髄・羊膜・臍帯血・骨髄・胎盤由来 6 検体のデータ報告．ver1.06，2026．（入手元 URL）
本報告書が引用している外部の文献や資料を用いるときは、本報告書ではなく原典を確認し、原典を出典として表記してください。委託先の報告書に由来する数値（本報告書で「区分 B」と示したもの）を用いるときは、本報告書を出典とし、転記値である旨を添えてください。
第 5 条（限界の併記）
本データは各由来 1 検体の解析です。引用・参照するときは、本報告書の「限界」（第 18 章）の内容を併記し、由来細胞一般の性質として断定しないでください。
第 6 条（改変）
図表や数値を加工・再集計・再解析して公表するときは、改変した旨と改変の内容を明記してください。改変したものを、当社や本報告書の署名者の成果として示さないでください。
第 7 条（成果の連絡と事前の相談）
本データを用いた論文・学会発表・製品などの成果は、差し支えない範囲で当社（info@sccl.jp）へお知らせください。本データを商用の製品やサービスに組み込む場合、または本データの再配布を伴う利用を行う場合は、事前に当社へご相談ください。
第 8 条（申請時の情報の取り扱い）
申請フォームで受け取ったお名前・組織名・メールアドレス・利用目的は、ID とパスワードの通知、本データに関する連絡（更新・公開停止の案内など）、および利用状況の把握にのみ使い、本人の同意なく第三者に提供しません。
第 9 条（免責）
本データと本報告書は、現状のまま提供します。当社は、その正確性・完全性・特定の目的への適合性を保証しません。本データや本報告書の利用によって利用者または第三者に生じた損害について、当社は責任を負いません。
第 10 条（変更と停止）
当社は、本データや本報告書の内容の更新、公開の停止、閲覧用の ID とパスワードの変更、およびこの規約の変更を、予告なく行うことがあります。変更後の規約は、このページに掲載した時点から適用します。
第 11 条（準拠法）
この規約は日本法に準拠します。
2026 年 11 月 6 日 制定
閲覧の申請
必要事項を入力し、
利用規約・遵守事項に
同意のうえ送信してください。
ID とパスワードを、
入力したメールアドレスに
自動返信でお知らせします。
自動返信が届かないときは、
迷惑メールフォルダをご確認のうえ、
お問合せからご連絡ください。